כמה חסרונות של למידה מרחוק הן:
- חסרון אחד בלמידה מרחוק הוא הרגשת הבידוד והריחוק מהעולם החברתי. כאשר תלמיד לבדו מול מחשב הוא מופרד מהמרצה ומתלמידי הכיתה ולא נוצרת אינטראקציה בין אישית אשר עשויה לתרום להצלחה בלימודים (הכנת מטלות, למידה למבחן ולמידה בשיעורים). תלמידים רבים עלולים להרגיש תסכול עקב היעדר קרבה אנושית וחוסר שייכות שכן לא נוצרת אחווה לימודית שנוצרת בלמידה מסורתית. בשיטת הלמידה המסורתית מצריכה כישורים חברתיים, המפגש עם מגוון רחב של אנשים ודעות תורם להתפתחות הלימודית והאינטלקטואלית.
- מחסום טכנולוגי- ההתמודדות עם הטכנולוגיה ההולכת ומתפתחת מהווה מכשול עבור הרבה תלמידים. השימוש במחשב אינו קל עבור אנשים רבים, מצריך תקופת הסתגלות ומהווה גורם מתסכל וגורם לחרדות ולחצים. השימוש בלמידה מרחוק עבור אנשים אלו אינו יעיל ואף מצמצם להם את אפשרויות הלמידה. על פי מחקרים, אצל האוכלוסייה המבוגרת הבעיה נפוצה יותר וההסתגלות שלהם ארוכה ואיטית יותר (JM Galusha,2003) .
- הלמידה מרחוק דורשת מוטיבציה גבוהה כיוון שלמידה רבה מתבצעת באופן עצמאי. הלחץ החברתי ללמוד מצד החברים והמרצים קטן, לא חווים את תחושת התחרותיות שמדרבנת להצלחה. גם האפשרות לבחירת זמן הלימודים היא בעיה עבור אותם תלמידים בעלי מוטיבציה נמוכה שכן יש ביכולתם לדחות עוד ועוד את זמן הלימודים בגלל העובדה שהלמידה מרחוק היא "בכל זמן ובכל מקום". אחוז הנשירה של תלמידים במוסדות שבהם מתקיימת למידה מרחוק גדול יותר מאשר באלה שמשתמשים בלמידה המסורתית (FB King, 2002).
- לא רק התלמידים נפגעים מהלמידה מרחוק אלא גם אנשי ההוראה. בלמידה המסורתית המרצה והתלמיד לומדים להכיר אחד את השני והמורה מודע לנקודות החזקות והחלשות של תלמידיו- לעומת למידה מרחוק שבה אין את האינטראקציה הזו שתאפשר למרצה להבין את רמת ההבנה של תלמידיו ובמה עליו להתמקד יותר. המרצה לא מקבל משוב על העברת התכנים הלימודיים ואין ביכולתם של תלמידיו להעריך את יכולותיו ההוראתיות. כמו לתלמידים לא לכל המרצים יש את היכולות הבסיסיות או את ההבנה להשתמש במערכות מחשב מתקדמות. (JM Galusha,2003).
- בעיות טכנולוגיות עלולות לשבש את תהליך העברת המידע באופן רציף: במקרים רבים איכות הקול, התמונה והשידור מקוטעים ואינם ברורים וזה נובע מאיכות ירודה של המערכות. כל מגבלה טכנולוגית עשויה להסיח את תשומת לבנו ולגרום לנו לאבד את קצב השיעור. מערכות מאיכות גבוהה קיימות אך לא לכל מוסד לימודי יש המשאבים לאפשר את השימוש בהם.
- במקצועות כמו פיזיקה וכימיה, השימוש במעבדה, עריכת ניסויים והתעסקות עם חומרים הוא חלק בלתי נפרד מהלמידה. הלמידה מרחוק טרם מצאה פתרון לנושא זה.
